1. TEDE2
  2. UFRPE. Sede Campus de Dois Irmãos em Recife
  3. PPG em Melhoramento Genético de Plantas
  4. Doutorado em Melhoramento Genético de Plantas
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dc.creatorSANTANA, Jackeline Terto da Silva-
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/2104137735865051por
dc.contributor.advisor1CARVALHO, Reginaldo de-
dc.contributor.advisor-co1ALMEIDA, Cícero Carlos de Souza-
dc.contributor.referee1SILVA, Gheysa Coelho-
dc.contributor.referee2OLIVEIRA, Iêda Ferreira de-
dc.contributor.referee3FRAZÃO, Jailson Gitaí dos Santos-
dc.contributor.referee4BEZERRA NETO, João Pacífico-
dc.date.accessioned2024-02-15T21:37:56Z-
dc.date.issued2022-06-30-
dc.identifier.citationSANTANA, Jackeline Terto da Silva. Caracterização genômica do DNA repetitivo e diversidade genética em Syagrus coronata (Mart.) Becc. 2022. 111 f. Tese (Programa de Pós-Graduação em Melhoramento Genético de Plantas) - Universidade Federal Rural de Pernambuco, Recife.por
dc.identifier.urihttp://www.tede2.ufrpe.br:8080/tede2/handle/tede2/9503-
dc.description.resumoSyagrus coronata (Mart.) Becc., popularmente conhecida como ouricuri e licuri, é integrante de Arecaceae e apresenta grande importância socioeconômica e ecológica. Apesar de ser uma espécie amplamente distribuída na Caatinga e Mata Atlântica, a expansão urbana e intensificação de práticas agropecuárias têm contribuído para o declínio populacional acentuado, necessitando de medidas que possam auxiliar a conservação de seus recursos genéticos. Estudos genômicos envolvendo a caracterização da fração repetitiva e determinação do tamanho do genoma vêm sendo realizados para espécies de Arecaceae. No entanto, para S. coronata há a necessidade de estudar a organização do DNA repetitivo. Diante disso, objetivou-se neste estudo: 1) estimar o tamanho do genoma e caracterizar o DNA repetitivo em S. coronata por citometria de fluxo e abordagem k-mer usando o método RESPECT e 2) analisar a diversidade genética de populações de S. coronata em dois biomas por meio de marcadores microssatélites e DNA de cloroplasto. O tamanho do genoma foi estimado em 2,27 ± 0,026 Gbp/1C usando citometria de fluxo e 2,76 Gbp usando abordagem k-mer. A fração repetitiva do genoma correspondeu a 60,39%, onde as sequências retrotransposons LTR foram mais abundantes (37,62% para Ty1/Copia e 12,2% para Ty3/Gypsy). Outros elementos repetitivos foram identificados: transposons (3,91%), DNA ribossômico (0,56%) e sequências satélites (1,32%). Houve elevada diversidade em número e comprimento de monômeros nas sequências satélites. Os resultados de diversidade genética em seis diferentes localidades dos biomas Caatinga e Mata Atlântica revelaram a formação de apenas um grupo populacional, indicando existir pouca diferenciação genética entre as localidades estudadas. A maior parte da variação genética esteve presente dentro das amostras (98,3% para dados de SSRs e 56,68% para SNPs), o que indica a presença de fluxo gênico dentro da população. Para fins de conservação da espécie, sugere-se principalmente a conservação in situ visto que a alta diversidade encontrada dentro das populações indica ampla distribuição nas diferentes localidades.por
dc.description.abstractSyagrus coronata (Mart.) Becc., popularly known as ouricuri and licuri, is a member of Arecaceae and has great socioeconomic and ecological importance. Despite being a species widely distributed in the Caatinga and Atlantic Forest, the urban expansion and intensification of agricultural practices have contributed to the accentuated population decline, requiring measures that can help the conservation of its genetic resources. Genomic studies involving the characterization of the repetitive fraction and determination of the genome size have been carried out for species of Arecaceae. However, for S. coronata there is a need to study the organization of repetitive DNA. Therefore, the objective of this study was: 1) to estimate the genome size and characterize the repetitive DNA in S. coronata by flow cytometry and k-mer approach using the RESPECT method and 2) to analyze the genetic diversity of populations of S. coronata in two biomes using microsatellite markers and chloroplast DNA. The genome size was estimated at 2.27 ± 0.026 Gbp/1C using flow cytometry and 2.76 Gbp using the k-mer approach. The repetitive fraction of the genome corresponded to 60.39%, where retrotransposons LTR sequences were more abundant (37.62% for Ty1/Copia and 12.2% for Ty3/Gypsy). Other repetitive elements were identified: transposons (3.91%), ribosomal DNA (0.56%) and satellite sequences (1.32%). There was high diversity in the number and length of monomers in the satellite sequences. The results of genetic diversity in six different localities of the Caatinga and Atlantic Forest biomes revealed the formation of only one population group, indicating that there is little genetic differentiation between the studied localities. Most of the genetic variation was present within the samples (98.3% for SSR data and 56.68% for SNPs), which indicates the presence of gene flow within the population. For species conservation purposes, in situ conservation is mainly suggested since the high diversity found within populations indicates wide distribution in different localities.eng
dc.description.provenanceSubmitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2024-02-15T21:37:56Z No. of bitstreams: 1 Jackeline Terto da Silva Santana.pdf: 3077317 bytes, checksum: 63be23cdeb2a4ff345ba447419a2ad77 (MD5)eng
dc.description.provenanceMade available in DSpace on 2024-02-15T21:37:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Jackeline Terto da Silva Santana.pdf: 3077317 bytes, checksum: 63be23cdeb2a4ff345ba447419a2ad77 (MD5) Previous issue date: 2022-06-30eng
dc.description.sponsorshipCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPESpor
dc.formatapplication/pdf*
dc.languageporpor
dc.publisherUniversidade Federal Rural de Pernambucopor
dc.publisher.departmentDepartamento de Agronomiapor
dc.publisher.countryBrasilpor
dc.publisher.initialsUFRPEpor
dc.publisher.programPrograma de Pós-Graduação em Melhoramento Genético de Plantaspor
dc.rightsAcesso Abertopor
dc.subjectSyagrus coronatapor
dc.subjectOuricuripor
dc.subjectGenomapor
dc.subjectMarcador molecularpor
dc.subjectDiversidade genéticapor
dc.subject.cnpqFITOTECNIA::MELHORAMENTO VEGETALpor
dc.titleCaracterização genômica do DNA repetitivo e diversidade genética em Syagrus coronata (Mart.) Beccpor
dc.typeTesepor
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