Caracterização genômica do DNA repetitivo e diversidade genética em Syagrus coronata (Mart.) Becc

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Tipo do documento:	Tese
Título:	Caracterização genômica do DNA repetitivo e diversidade genética em Syagrus coronata (Mart.) Becc
Autor:	SANTANA, Jackeline Terto da Silva
Primeiro orientador:	CARVALHO, Reginaldo de
Primeiro coorientador:	ALMEIDA, Cícero Carlos de Souza
Primeiro membro da banca:	SILVA, Gheysa Coelho
Segundo membro da banca:	OLIVEIRA, Iêda Ferreira de
Terceiro membro da banca:	FRAZÃO, Jailson Gitaí dos Santos
Quarto membro da banca:	BEZERRA NETO, João Pacífico
Resumo:	Syagrus coronata (Mart.) Becc., popularmente conhecida como ouricuri e licuri, é integrante de Arecaceae e apresenta grande importância socioeconômica e ecológica. Apesar de ser uma espécie amplamente distribuída na Caatinga e Mata Atlântica, a expansão urbana e intensificação de práticas agropecuárias têm contribuído para o declínio populacional acentuado, necessitando de medidas que possam auxiliar a conservação de seus recursos genéticos. Estudos genômicos envolvendo a caracterização da fração repetitiva e determinação do tamanho do genoma vêm sendo realizados para espécies de Arecaceae. No entanto, para S. coronata há a necessidade de estudar a organização do DNA repetitivo. Diante disso, objetivou-se neste estudo: 1) estimar o tamanho do genoma e caracterizar o DNA repetitivo em S. coronata por citometria de fluxo e abordagem k-mer usando o método RESPECT e 2) analisar a diversidade genética de populações de S. coronata em dois biomas por meio de marcadores microssatélites e DNA de cloroplasto. O tamanho do genoma foi estimado em 2,27 ± 0,026 Gbp/1C usando citometria de fluxo e 2,76 Gbp usando abordagem k-mer. A fração repetitiva do genoma correspondeu a 60,39%, onde as sequências retrotransposons LTR foram mais abundantes (37,62% para Ty1/Copia e 12,2% para Ty3/Gypsy). Outros elementos repetitivos foram identificados: transposons (3,91%), DNA ribossômico (0,56%) e sequências satélites (1,32%). Houve elevada diversidade em número e comprimento de monômeros nas sequências satélites. Os resultados de diversidade genética em seis diferentes localidades dos biomas Caatinga e Mata Atlântica revelaram a formação de apenas um grupo populacional, indicando existir pouca diferenciação genética entre as localidades estudadas. A maior parte da variação genética esteve presente dentro das amostras (98,3% para dados de SSRs e 56,68% para SNPs), o que indica a presença de fluxo gênico dentro da população. Para fins de conservação da espécie, sugere-se principalmente a conservação in situ visto que a alta diversidade encontrada dentro das populações indica ampla distribuição nas diferentes localidades.
Abstract:	Syagrus coronata (Mart.) Becc., popularly known as ouricuri and licuri, is a member of Arecaceae and has great socioeconomic and ecological importance. Despite being a species widely distributed in the Caatinga and Atlantic Forest, the urban expansion and intensification of agricultural practices have contributed to the accentuated population decline, requiring measures that can help the conservation of its genetic resources. Genomic studies involving the characterization of the repetitive fraction and determination of the genome size have been carried out for species of Arecaceae. However, for S. coronata there is a need to study the organization of repetitive DNA. Therefore, the objective of this study was: 1) to estimate the genome size and characterize the repetitive DNA in S. coronata by flow cytometry and k-mer approach using the RESPECT method and 2) to analyze the genetic diversity of populations of S. coronata in two biomes using microsatellite markers and chloroplast DNA. The genome size was estimated at 2.27 ± 0.026 Gbp/1C using flow cytometry and 2.76 Gbp using the k-mer approach. The repetitive fraction of the genome corresponded to 60.39%, where retrotransposons LTR sequences were more abundant (37.62% for Ty1/Copia and 12.2% for Ty3/Gypsy). Other repetitive elements were identified: transposons (3.91%), ribosomal DNA (0.56%) and satellite sequences (1.32%). There was high diversity in the number and length of monomers in the satellite sequences. The results of genetic diversity in six different localities of the Caatinga and Atlantic Forest biomes revealed the formation of only one population group, indicating that there is little genetic differentiation between the studied localities. Most of the genetic variation was present within the samples (98.3% for SSR data and 56.68% for SNPs), which indicates the presence of gene flow within the population. For species conservation purposes, in situ conservation is mainly suggested since the high diversity found within populations indicates wide distribution in different localities.
Palavras-chave:	Syagrus coronata Ouricuri Genoma Marcador molecular Diversidade genética
Área(s) do CNPq:	FITOTECNIA::MELHORAMENTO VEGETAL
Idioma:	por
País:	Brasil
Instituição:	Universidade Federal Rural de Pernambuco
Sigla da instituição:	UFRPE
Departamento:	Departamento de Agronomia
Programa:	Programa de Pós-Graduação em Melhoramento Genético de Plantas
Citação:	SANTANA, Jackeline Terto da Silva. Caracterização genômica do DNA repetitivo e diversidade genética em Syagrus coronata (Mart.) Becc. 2022. 111 f. Tese (Programa de Pós-Graduação em Melhoramento Genético de Plantas) - Universidade Federal Rural de Pernambuco, Recife.
Tipo de acesso:	Acesso Aberto
URI:	http://www.tede2.ufrpe.br:8080/tede2/handle/tede2/9503
Data de defesa:	30-Jun-2022
Aparece nas coleções:	Doutorado em Melhoramento Genético de Plantas

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