@PHDTHESIS{ 2021:1645926653,
 	title = {Filogenômica de novas espécies do complexo Burkholderia cepacia e genômica comparativa de isolados de B. cenocepacia linhagens IIIA e IIIB, causadoras de podridão das escamas da cebola},
 	year = {2021},
 	url = "http://www.tede2.ufrpe.br:8080/tede2/handle/tede2/9408",
 	abstract = "No Brasil, a cebola (Allium cepa L.) apresenta elevada importância socioeconômica, destacando-se como a hortaliça mais produzida dentro do gênero Allium. Diversas doenças podem acometer essa cultura, tanto durante a produção como na fase de pós-colheita. Dentre as que apresentam elevada importância econômica, destaca-se a podridão em escamas, conhecida popularmente como camisa d’água. Esta doença está associada a várias espécies bacterianas, dentre as quais se sobressaem espécies do complexo Burkholderia cepacia (CBC), como B. cepacia e B. cenocepacia, além de B. gladioli pv. alliicola, Pseudomonas aeruginosa e Serratia marcescens. Isolados do CBC são os mais frequentemente associados aos sintomas da doença, e isolados de B. cenocepacia são predominantes na região do Vale do São Francisco. Estudos polifásicos incluindo análises de rep-PCR, perfis bioquímicos e patológicos e análise de sequência multilocus (MLSA) com os isolados demonstraram a predominância de isolados de B. cenocepacia linhagens IIIA e IIIB e de isolados pertencendo a duas supostas novas linhagens dessa bactéria, que aparentemente atuam exclusivamente como fitopatógenos. Assim, os objetivos desta tese foram sequenciar, montar e anotar cinco genomas de isolados de duas novas linhagens de B. cenocepacia associadas à podridão em escamas da cebola na região Nordeste do Brasil e analisar a posição taxonômica desses isolados por meio de uma abordagem filogenômica, e sequenciar, montar e anotar os genomas de isolados fitopatogênicos de B. cenocepacia pertencentes as linhagens IIIA e IIIB, visando a caracterização dos fatores de virulência e patogenicidade envolvidos na interação deste patógeno e a comparação com isolados obtidos de diferentes nichos ecológicos. A análise das sequências do core genoma revelaram que as duas supostas novas linhagens de B. cenocepacia pertencem ao CBC, porém não estão relacionados a nenhuma espécie já descrita deste complexo. Análise comparativa do genoma total dos cinco isolados contra os isolados tipo membros do CBC revelou valores médios de identidade de nucleotídeos (ANI) de 86,73 a 94,82%. Dados combinados de ANI, digital hibridização DNA-DNA (dDDH) e analise da sequência multilocus do core genome indicaram que estas supostas novas linhagens são, na verdade, duas novas espécies do CBC, as quais foram classificadas no presente estudo como B. semiaridus e B. solum. Adicionalmente, 12 isolados de B. cenocepacia, sendo cinco da linhagem IIIA e sete da linhagem IIIB isolados de cebola com sintomas de podridão em escamas foram comparados com 21 genomas completos isolados de patógenos humanos e do ambiente disponíveis em bancos de dados públicos. Através dos resultados de ANI, dDDH e cMLSA, foi possível constatar que os isolados fitopatogênicos das linhagens IIIA e IIIB apresentaram poucas variações em relação aos outros grupos estudados, contudo, de acordo com os resultados obtidos, essas duas linhagens se comportam como duas espécies distintas. Isolados fitopatogênicos de B. cenocepacia linhagem IIIA e IIIB apresentaram uma maior quantidade de fatores de patogenicidade e virulência a humanos. Até onde sabemos, este é o primeiro relato de um drafft genoma de B. cenocepacia causando podridão em escamas da cebola, e nossos dados serão, portanto, um recurso valioso para estudos futuros.",
 	publisher = {Universidade Federal Rural de Pernambuco},
 	scholl = {Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia},
 	note = {Departamento de Agronomia}
}